Καθυστερήσεις στην έναρξη του 6ου Προγράμματος Πλαισίου για την Ερευνα και Τεχνολογική Ανάπτυξη απειλεί να δημιουργήσει το ζήτημα της έρευνας επί των βλαστοκυττάρων, το οποίο έχει προκαλέσει διαφωνία μεταξύ του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου και του Συμβουλίου Υπουργών Έρευνας, εμποδίζοντας τις διαδικασίες έγκρισης του προγράμματος.
Το πρόβλημα μεταξύ Κοινοβουλίου και Συμβουλίου έχει προκύψει εξαιτίας μιας τροπολογίας που υιοθέτησε το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο σχετικά με τα όρια της έρευνας και ειδικότερα τι μπορεί και τι δεν μπορεί να χρηματοδοτηθεί στο πλαίσιο του νέου ερευνητικού προγράμματος της ΕΕ. Στην ουσία, ο προβληματισμός του Κοινοβουλίου αφορούσε τη χρηματοδότηση έρευνας επί των εμβρυικών βλαστοκυττάρων, θέμα πάνω στο οποίο υπάρχει μεγάλη διάσταση απόψεων μεταξύ των χωρών μελών, ακόμη και στο εσωτερικό του Συμβουλίου.
Σε χώρες όπως η Μ. Βρετανία, η σχετική έρευνα έχει προχωρήσει αρκετά, ενώ σε άλλες όπως η Γερμανία ή η Ιταλία απαγορεύεται εντελώς. Έτσι, από τη μια πλευρά υπάρχουν πιέσεις για χρηματοδότηση, τις οποίες όμως αποκρούει η άλλη πλευρά, επισημαίνοντας ότι, εξαιτίας της απαγόρευσης, δεν θα μπορέσουν να επωφεληθούν οι δικοί της φορείς. Επειδή, όμως, οι διαφωνίες δεν θα επέτρεπαν την αποδοχή των τροπολογιών (που ουσιαστικά απαγόρευαν τη χρηματοδότηση παρόμοιων ερευνών από την Κοινότητα) στο Συμβούλιο, η Ισπανική Προεδρία δεσμεύτηκε να υιοθετήσει τις παρεμβάσεις του Κοινοβουλίου στο πλαίσιο των λεγομένων Ειδικών Προγραμμάτων του 6ου ΠΠ, για τα οποία δεν χρειάζεται η χρονοβόρα διαδικασία της συναπόφασης των δύο σωμάτων.
Όμως, στη συνέχεια , επί Δανικής Προεδρίας, το Συμβούλιο δεν κατόρθωσε να συμφωνήσει πάνω στα ειδικά προγράμματα. Ετσι, η Κοπεγχάγη πρότεινε απαγόρευση για την έρευνα των βλαστοκυττάρων στο 6ο ΠΠ και παραπομπή του θέματος σε ειδική επιτροπή. Η συγκεκριμένη διαδικασία θέτει εκτός του παιχνιδιού το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο, το οποίο, όπως ήταν φυσικό αντέδρασε, απειλώντας να μην ψηφίσει και το γενικό μέρος του Προγράμματος Πλαισίου.
Θα πρέπει να σημειωθεί ότι στο σύνολό του το 6ο Πρόγραμμα Πλαίσιο αποτελείται από τρία τμήματα, δηλαδή, το γενικό μέρος, τα ειδικά προγράμματα και τους κανόνες συμμετοχής στα νέα μέσα με τα οποία το πρόγραμμα προωθεί τη δημιουργία του Ευρωπαϊκού Χώρου Ερευνας. Από αυτά τα τμήματα, το πρώτο και το τρίτο εγκρίνονται με τη διαδικασία της συναπόφασης.