Σε πολιτική συμφωνία για την κατοχύρωση διπλωμάτων ευρεσιτεχνίας στο λογισμικό προχώρησε το Συμβούλιο Ανταγωνιστικότητας της Ευρωπαϊκής Ένωσης στην τελευταία συνεδρίασή του στις 18 Μαΐου 2004. Οι ευρωπαίοι υπουργοί, πάντως, δεν μπόρεσαν να καταλήξουν σε μια γενικότερη συμφωνία η οποία θα περιελάμβανε όλα τα διπλώματα ευρεσιτεχνίας, καθώς η Γερμανία, η Γαλλία, η Ισπανία και η Πορτογαλία καταψήφισαν την πρόταση συμβιβασμού που πρότεινε η ιρλανδική προεδρία, με την Ιταλία να απέχει από την όλη διαδικασία.
Η πρόταση που κατέθεσε η προεδρία της ΕΕ για το κοινοτικό δίπλωμα ευρεσιτεχνίας είχε ως στόχο τη μείωση του κόστους κατοχύρωσης μιας ευρεσιτεχνίας, καθώς και την ενοποίηση σε ένα ενιαίο σύστημα των σχετικών που υπάρχουν στις ευρωπαϊκές χώρες. Διαφορετικές, όμως απόψεις, σχετικά με τον αριθμό των γλωσσών στις οποίες θα έπρεπε να κατοχυρώνονται οι ευρεσιτεχνίες κατέστησαν αδύνατη την επίτευξη μιας ευρύτερης συμφωνίας. Έτσι, εναπόκειται πλέον στο Ευρωπαϊκό Συμβούλιο να αποφασίσει εάν και πότε θα ετοιμάσει μια νέα πρόταση προς ψήφιση. Η Ολλανδία, η οποία αναλαμβάνει τον Ιούλιο την ευρωπαϊκή προεδρία, έχει ήδη δηλώσει ότι δεν προτίθεται να αναλάβει μια νέα πρωτοβουλία για αυτό το θέμα.
Με την προτεινόμενη 'Οδηγία για τις εφευρέσεις που εφαρμόζονται σε υπολογιστή' (Directive on the patentability of computer-implemented inventions), καθίσταται δυνατή η κατοχύρωση λογισμικού μέσω διπλωμάτων ευρεσιτεχνίας, εφόσον το λογισμικό αποτελεί μέρος του υπολογιστή. Με αυτόν τον τρόπο η ευρωπαϊκή νομοθεσία τείνει να έρθει πιο κοντά στη νομοθεσία των ΗΠΑ, που προβλέπει την κατοχύρωση μέσω διπλωμάτων ευρεσιτεχνίας επιχειρηματικών πρακτικών και μεθόδων ή προγραμμάτων για υπολογιστές.
Το ζήτημα των ευρεσιτεχνιών λογισμικού έχει προκαλέσει, όπως είναι φυσικό, πολλές διαμάχες. Οι πολέμιοι της κατοχύρωσης διπλωμάτων ευρεσιτεχνίας για υπολογιστικά προγράμματα υποστηρίζουν ότι οι προτεινόμενες ρυθμίσεις θα περιορίσουν την καινοτομία και την έρευνα που διεξάγουν οι μικρές επιχειρήσεις, και θα συνδράμουν στην κυριαρχία των μεγάλων εταιρειών. Από την άλλη πλευρά, μεγάλες εταιρείες όπως η Nokia, η Ericsson, η Alcatel, η Philips και η Siemens υποστηρίζουν ότι οι επενδύσεις τους στην έρευνα και την ανάπτυξη θα μείνουν αναξιοποίητες εάν δεν υπάρχει αποτελεσματική προστασία μέσω των διπλωμάτων ευρεσιτεχνίας.
Οι αιτιάσεις των μικρών εταιρειών ανάπτυξης λογισμικού και των επιστημόνων πληροφορικής οδήγησαν το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο να αλλάξει κάποια σημεία της προτεινόμενης Οδηγίας, έχοντας ως κύριο στόχο το λογισμικό να παραμείνει εκτός του πλαισίου που αφορά την κατοχύρωση ευρεσιτεχνιών. Πολλές όμως από αυτές τις αλλαγές απορρίφθηκαν από το Ευρωπαϊκό Συμβούλιο.
Μετά την επίσημη αποδοχή του τελικού κειμένου της Οδηγίας από το Ευρωπαϊκό Συμβούλιο, αυτό θα υποβληθεί εκ νέου για ψήφιση στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο.