Ο Μανώλης Ρούλης είναι Μεταδιδακτορικός Ερευνητής στο εργαστήριο του καθηγητή Richard Flavell στον Τομέα Ανοσοβιολογίας της Ιατρικής Σχολής Yale στο Κοννέκτικατ των ΗΠΑ, όπου εργάζεται από το 2014. Απόκτησε πτυχίο Βιολογίας από το Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών και στη συνέχεια πραγματοποίησε διδακτορικές και μεταδιδακτορικές σπουδές στο Ερευνητικό Κέντρο Βιοϊατρικών Επιστημών «Αλέξανδρος Φλέμιγκ» στην Αθήνα, υπό την επίβλεψη του καθηγητή Γιώργου Κόλλια. Το διδακτορικό του δίπλωμα απονεμήθηκε από την Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων.
Η έρευνά του στο Φλέμιγκ επικεντρώθηκε σε κυτταρικούς και μοριακούς μηχανισμούς που διέπουν την ανάπτυξη χρόνιων εντερικών φλεγμονωδών παθήσεων σε μοντέλα ποντικών. Η πρόσφατη εργασία του στο εργαστήριο Flavell έδειξε για πρώτη φορά ότι η έναρξη του καρκίνου του παχέος εντέρου ελέγχεται από το μεσεγχυματικό μικροπεριβάλλον μεταλλαγμένων βλαστοκυττάρων. Η τρέχουσα έρευνά του επικεντρώνεται σε γενικές αρχές και συγκεκριμένους μηχανισμούς που καθορίζουν τη λειτουργία των ιστών ως ενιαίων πολυκυτταρικών συστημάτων, με ιδιαίτερη έμφαση στο ρόλο παραμελημένων κυτταρικών τύπων και τοπικών μικροπεριβάλλοντων του ιστού στο πλαίσιο της ανοσίας και του καρκίνου.