Γενετική

Επιστημονικές Δημοσιεύσεις Ανοικτής Πρόσβασης

Has the Summit Supercomputer Cracked COVID’s Code? New insights into deadly “bradykinin storms” suggest potential therapies for COVID-19

Mark Anderson
IEEE Spectrum
Posted 2020-08-02
Σε μια προσπάθεια καλύτερης κατανόησης της Covid-19, ο Summit, ο δεύτερος ταχύτερος υπερυπολογιστής στον κόσμο, εντός μιας εβδομάδας, πραγματοποίησε υπολογισμούς σε ένα σύνολο δεδομένων περίπου 2,5 δισεκατομμυρίων γενετικές συσχετίσεις. Η γενετική μελέτη οδήγησε σε μια πιθανή ανακάλυψη του τρόπου με τον οποίο ο νέος κοροναϊός προκαλεί την ασθένεια

Διεπιστημονικές εφαρμογές επιστήμης ηλεκτρονικών υπολογιστών, Γενετική, Βιοχημεία και Μοριακή βιολογία

GWAS and meta-analysis identifies 49 genetic variants underlying critical COVID-19

Pairo-Castineira, E., Rawlik, K., Bretherick, A.D. et al.

Nature (2023), https://doi.org/10.1038/s41586-023-06034-3

Published: 17 May 2023

Μια ανάλυση DNA από περισσότερους από 24.000 ανθρώπους που είχαν COVID-19 και χρειάστηκαν θεραπεία στην εντατική μονάδα έχει καταλήξει σε περισσότερες από δώδεκα νέες γενετικές συνδέσεις με τον κίνδυνο σοβαρής νόσησης. Η μελέτη, η οποία έχει περισσότερους από 2.000 συγγραφείς, υπογραμμίζει τον ρόλο του ανοσοποιητικού συστήματος στα μεταγενέστερα στάδια της ιδιαίτερα σοβαρής COVID-19. Τα αποτελέσματα θα μπορούσαν κάποια μέρα να συμβάλουν στην ανάπτυξη θεραπειών για την COVID-19 - και ενδεχομένως και άλλες ασθένειες που προκαλούν οξεία αναπνευστική δυσχέρεια ή σήψη.

Πνευμονολογία και Αναπνευστικές παθήσεις, Γενετική, Ανοσολογία, Ιατρική αυξημένης φροντίδας και Εντατική θεραπεία

Genomic epidemiology data infrastructure needs for SARS-CoV-2: Modernizing pandemic response strategies.

National Academies of Sciences, Engineering, and Medicine. 2020.

Washington, DC: The National Academies Press. https://doi.org/10.17226/25879

Το Υπουργείο Υγείας των ΗΠΑ, ζήτησε από την National Academies of Sciences, Engineering, and Medicine, να συγκαλέσει μια ad hoc επιτροπή που αναλάβει την περιγραφή και τον καθορισμό των δεδομένων που απαιτούνται για ένα σύστημα παρακολούθησης και συσχέτισης των ιογενών γονιδιακών ακολουθιών με κλινικά και επιδημιολογικά δεδομένα

Γενετική, Ιολογία, Επιδημιολογία, Ιατρική Βιοτεχνολογία, Βιβλίο

From delta to Omicron: S1-RBD/S2 mutation/deletion equilibrium in SARS-CoV-2 defined variants

Vasileios Papanikolaou, Aris Chrysovergis, Vasileios Ragos, Evangelos Tsiambas, Spyros Katsinis, Arezina Manoli, Sotirios Papouliakos, Dimitrios Roukas, Stylianos Mastronikolis, Dimitrios Peschos, Anna Batistatou, Efthimios Kyrodimos, Nicholas Mastronikolis
Gene, Volume 814, 2022, 146134, https://doi.org/10.1016/j.gene.2021.146134.

10 March 2022

Ιολογία, Γενετική

Evolutionary analysis of the Delta and Delta Plus variants of the SARS-CoV-2 viruses

Saathvik R. Kannan, Austin N. Spratt, et al.
Journal of Autoimmunity, Volume 124, 2021, 102715, https://doi.org/10.1016/j.jaut.2021.102715.
Με βάση τα αποτελέσματα που παρουσιάζονται εδώ, είναι σαφές ότι οι παραλλαγές Delta και Delta Plus έχουν μοναδικά προφίλ μετάλλαξης και η παραλλαγή Delta Plus έχει σημαντικό αριθμό μεταλλάξεων υψηλού επιπολασμού (≥20 %) από ό, τι η παραλλαγή Delta.

Ιολογία, Γενετική, Ανοσολογία, Βιοχημεία και Μοριακή βιολογία

Emergence of Omicron third lineage BA.3 and its importance
Perumal A. Desingu,K. Nagarajan,Kuldeep Dhama
Journal of Medical Virology, https://doi.org/10.1002/jmv.27601

First published: 18 January 2022

Το Omicron χωρίστηκε πρόσφατα σε τρεις γενεαλογικές γραμμές (BA.1, BA.2 και BA.3). Εδώ περιγράφονται πώς αυτές οι τρεις γενεαλογικές γραμμές διαφέρουν ως προς τις πρωτεΐνες ακίδας τους.

Ιολογία, Γενετική, Βιολογία κυττάρου

Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2
Lucyvan Dorpa, Mislav Acmana, et al.
Infection, Genetics and Evolution, 104351, https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020.104351
Available online 5 May 2020
Οι γενετικές εκτιμήσεις υποστηρίζουν ότι η πανδημία COVID-2 ξεκίνησε στο διάστημα 6 Οκτωβρίου 2019 - 11 Δεκεμβρίου 2019, οπότε εκτιμάται οτι έγινε η μετάβαση από κάποιον ξενιστή στον άνθρωπο. Η ποικιλομορφία των στελεχών SARS-CoV-2 σε πολλές χώρες ενισχύει τη θεωρία κατά την οποία υπήρξαν πολλαπλές εισαγωγές του ιού σε περιοχές σε όλο τον κόσμο, απ' όπου εκκίνησαν τοπικά περιστατικά μετάδοσης. Στο γονιδίωμα του SARS-CoV-2 φαίνεται ότι έχουν ήδη συντελεστεί 198 επαναλαμβανόμενες, ανεξάρτητες μεταλλάξεις που ενδέχεται να υποδεικνύουν μια συνεχή προσαρμογή του SARS-CoV-2 στον νέο ανθρώπινο ξενιστή του. Η παρακολούθηση των μεταλλάξεων και της γενετικής ποικιλομορφίας του SARS-CoV-2 είναι σημαντική για τον καθορισμό των στόχων κατά την ανάπτυξη φαρμάκων και εμβολίων.

Γενετική, Ιολογία, Βιολογία κυττάρου, Λοιμώδη νοσήματα