Η Δρ. Θέμις Αλισσάφη αποφοίτησε και απέκτησε το Μεταπτυχιακό της τίτλο από το τμήμα Χημείας του Πανεπιστημίου Κρήτης.
Εκπόνησε τη διδακτορική της διατριβή στην ανοσολογία στο εργαστήριο της Δρ. Β. Πανουτσακοπούλου στο ΙΙΒΕΑΑ. Η έρευνα της πάνω στον ρόλο της κυτταροκίνης osteopontin στις αλλεργικές απαντήσεις, παρήγαγε καινοτόμα δεδομένα τα οποία οδήγησαν σε σημαντικές δημοσίευσεις στα περιοδικά Nature Medicine και Journal of Immunology.
Κέρδισε υποτροφίες από το ERS και το EAACI, προκειμένου να μελετήσει τον ρόλο των δενδριτικών κυττάρων στην αλλεργία στο εργαστήριο του Dr. Bart N. Lambrecht (Ghent University, Βέλγιο).
Επιστρέφοντας στην Ελλάδα εργαστηκε ως μεταδιδακτορική ερευνήτρια στο εργαστήριο Ρευματολογίας του Καθ. Δ. Μπούμπα στo ITE και στο εργαστήριο Ανοσολογικής Ρύθμισης του Δρ. Π. Βεργίνη στο ΙΙΒΕΑΑ.
Η έρευνα της πάνω στους μηχανισμούς ανοσολογικής ρύθμισης στην αυτοανοσία και στον καρκίνο οδήγησαν σε σημαντικές δημοσιεύσεις στα περιοδικά Journal of Clinical Investigation (2017 και 2018), Journal of Immunology και Cell Metabolism μεταξύ άλλων.
Πρόσφατα εκλέχθηκε ερευνήτρια Γ' βαθμίδος στο IMBB. Σήμερα, εργάζεται στο ΙΙΒΕΑΑ όπου μελετά τους μηχανισμούς δράσης των ρυθμιστικών κυττάρων στα αυτοάνοσα νοσήματα και στον καρκίνο, με απώτερο στόχο την ανάπτυξη βιοδεικτών και θεραπευτικών παρεμβάσεων ακριβείας.
Η Δρ. Θέμις Αλισσάφη έχει τιμηθεί με διεθνή (ERS, EAACI, EWRR) και εθνικά (IKY, HELANI, Φ. Καφάτος) βραβεία. Η έρευνα της έχει χρηματοδοτηθεί από εθνικούς οργανισμούς (ΙΚΥ, ΕΛΙΔΕΚ), ενώ προσφάτως έγινε αποδέκτης της διακεκριμένης ευρωπαϊκής επιχορήγησης ΕRC STG 2020.